Barrapunto

Supongo que será que el propio IDE se conecte a un repositorio CVS o Subversion para trabajar con los fuentes que está en otro servidor. Lo que no se si se refiere es que el IDE se traiga las fuentes a tu equipo, tu trabajes con ellas y luego las subas, o que directamente trabaje con las fuentes en remoto.
En mi curro que trabajan con Eclipse y programando en Java atacan a un servidor CVS y a otro Subversion (según el proyecto) que yo mismo he montado. Y les va de fábula. Hombre los errores que comentas que te causa programando en C++ la verdad es q no se... podrías mandar los bugs que te de al proyecto dé Eclipse y asi contribuir a su mejora.
Por otra parte te comento que Anjuta está desarrollando la serie 2.X que integra ya funciones de acceso y trabajo con CVS en el IDE. La versión 2.0.1 dicen que está aun en estado "alpha & unstable" pero supongo que no les quedará mucho para sacar la versión definitiva.
Yo que tu daría otra oportunidad a Eclipse

Con Kdevelop podrá acceder a todos los ficheros que quiera de forma transparente mediante los kioslave de KDE. Otra cosa es que se refiera a CVS o SNV y demás, que seguro que también permite pues por ejemplo el Quanta integra Cervisia que es un cliente CVS, así que Kdevelop seguro que también.

y si a lo que se refiere es a tener clases compiladas en otros directorios que no tengan nada que ver con el proyecto (sinceramente, la unica alternativa que se me ocurre con esa expresion a excepcion de lo que ya han dicho), en eclipse nada tan facil como crear otro proyecto, con esas fuentes y relacionarlo con el proyecto principal...

todas las clases del nuevo proyecto estaran disponibles para el antiguo y sin mezclar nada, cada cosa en su directorio correspondiente...

Pues a mi me da que se refiere a Fuentes/Orígenes de datos remoto, oseáse, soporte para conexión a bases de datos. Por ejemplo, usando ODBC.