Barrapunto

Pues en lugar de EXT2/EXT3 (que usan una estructura lineal para almacenar el contenido de los directorios) utilizas ReiserFS (que usa una estructura en árbol equilibrado o balanceado, igual que las bases de datos), y listo. Máximo rendimiento a la hora de buscar archivos.

Y ya si me apuras y no quieres irte a eso, puedes crear tú mismo también un sistema jerárquico de directorios para agrupar las imágenes en directorios con menos archivos cada uno.