Barrapunto

Actualmente me encuentro en la misma tesitura que tú. También estoy desarrollando una aplicación (que en breve saldrá la versión alpha) GNU/GPL en la que también genero imágenes que debo almacenar. En realidad en mi caso, el almacenamiento lo necesito para mejorar el algoritmo que genera dichas imágenes. Mi sistema genera una imágen CAPTCHA (Wikipedia para quien quiera saber más... o si quiere un ejemplo práctico, la imágen del código de seguridad que hay para publicar un comentario en /.) en el registro de un usuario (y en algún otro sitio) que debo almacenar para que en el caso de que el usuario introduzca mal la palabra que aparece en la imágen, se quede registrado lo escrito por el usuario y la imagen para una posterior revisión y ver si es que simplemente se equivocó el usuario o es que habñia una letra que no se distinguía bien.
Bueno, al final he decidido almacenar las imágenes porque son pequeñas (ocupan menos de 50 KBs cada una), porque de vez en cuando se borrarán ya que son para hacer debug y aunque para cada imágen debo almacenarla hasta saber si se ha introducido bien lo que ponía en ella (si lo hace mal, debo pasarla a otra tabla), es decir, estoy generando muchas imágenes pequeñas; creo que es la mejor solución para no depender de directorios ni rutas ni similares que luego al pasarlo a otro sitio tengo que andar preocupándome de guardar.
Otra cosa es si tu sistema está todo el día usando dichas imágenes, la carga sobre la BD será alta si se almacenan en ésta.
Así que yo creo que todo depende de los requisitos de la aplicación, de la maquinaria disponible (sería un suicidio poner un MySQL a manejar exclusivamente imágenes en una máquina poco potente) y también es cosa de gustos personales.
Puedes también hacer uso de una opción mixta, más bien hacer uso de cache, y dejar en un directorio las imágenes que se usan con más frecuencia; es decir, las imágenes estarían en la BD, pero las más usadas estarían en disco.
Y si te decantas por dejarlo en un directorio, pues no tienes muchos problemas; hay muchas formas de guardar la referencia a la imágen en la BD (aunque yo me decantaría por la nueva forma que tiene Mambo 4.5.3 de obtener los ficheros de disco :P )
Venga un saludo