Barrapunto

Bueno, ya te han dado algunas respuestas y no tiene mucho sentido que vuelva a escribir lo mismo que han escrito los demás. Sin embargo, nadie ha comentado nada de almacenamiento masivo, así que aun hay espacio para una pequeña aportación:

• Si el sistema es pequeño (MSSQL, Sybase, posgreSQL, mySQL), yo pondría los ficheros en el sistema de ficheros y las rutas en la BBDD.
• Si el sistema es mediano (Oracle, DB2, mySQL a lo grande) yo jugaría un poco con los tablespaces como ya te han dicho por ahí y metería los ficheros en la base de datos.
• Si el sistema es grande, usa un Oracle para guardar las referencias a los archivos y tal vez algunos campos útiles para las búsquedas y mete los documentos en un robot de almacenamiento masivo del estilo de los centeras [emc.com].

No creo que se trate de un sistema grande porque si lo fuese no se lo darían a alguien que pregunta a Barrapunto (lo siento, no he podido resistirme) y no creo que se trate de un sistema pequeño porque ni siquiera te plantearías meter los archivos en la BBDD.
En resumen, que mi respuesta es que metas los archivos en la BBDD, que así queda el sistema más """aerodinámico""" :P