Barrapunto

Java == plataforma propietaria
PHP == plataforma abierta

Java incita a hacer buen código
PHP incita a hacer mal código
(Esto lo he visto a base de ver código Java y PHP, pero se puede hacer mal código y buen código en cualquiera de los dos lenguajes)

Si tu aplicación va a ser opensource programa en PHP ya que tienes mucho donde basarte.

Tecnológicamente me gusta mucho más Java, pero en la práctica parece que PHP se lleva la palma.

También tienes perl que tiene muchas librerías para hacer casi cualquier cosa y C#/.Net/Mono que está en pleno auge.

Aprender a programar con Perl?!?!... jejeje que cruel... Yo no me romperia mucho el coco, para empezar nada mejor que Pascal o C, una vez que sabes lo basico de la programacion puedes pegar el salto a los objetos ya sea con Java, C++ o C#. (por cierto, aprender PHP dominando ya otros lenguajes es cosa de una tarde... de ahi su exito)

Java incita a hacer buen código
PHP incita a hacer mal código
(Esto lo he visto a base de ver código Java y PHP, pero se puede hacer mal código y buen código en cualquiera de los dos lenguajes)


¿? Como dices por el código que has visto... pero no necesariamente, depende si es un buen o mal programador.
Lo que te puede llevar a decir eso es que los navegadores webs son capaces de interpretar html mal escrito y mucha gente hace mal las webs incluyendose las que estan hechas con php.

Todo depende del programador.